在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 ]:=这之
=后3年，宇宙% 世纪0096年。在工业殖民地“/工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被?认;,@为*是地球联邦政府暗中操控# 的“比斯特财-\.团”将把最`+高机密“拉普拉斯^*;之=+箱”交给新吉恩的;残 ?党.军“袖付”。另一方面 @:=，=)在安:+纳海姆=:工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自-称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎!#比之 女，美耐巴·扎,,比）奥-+黛丽为了:* ;#制止新的战争%爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳_吉在/数次帮助奥黛丽%之(后，逐渐被她所吸 ;^:引。随%^ 后，地球联邦+]]察觉了这起交易，并进,\行军事介入，工\$.)业殖$
民地随即化$\`为一片火海。+? 巴?纳吉和同伴一边避难@一边寻]. *找
^着奥黛;丽，而,出[现在 他面前的是比斯特__财团的当家卡迪阿斯;·比斯特)+:。奄奄一息的卡迪]阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并/ 且将*箱之钥匙－－“#机(?动战士高达独角兽”托付给他。随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开)/@始了……