21世纪初，:%人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的 _,地球上，仅使被!选中的人们乘上恒星间移民船·? /(-阿拉特拉姆，前往能够移居的“-约定之地·τ星]-/e”!。但这一?%计划失败，人类只得再度返回地球-
。而长距离!^亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回%到的地方_`变成了“两万年后的地球”:-。;) 在这个地. [
球#，主人公·晴男等])
人^在*],遭 ^]受哥斯拉袭击的同时，与.埃克西弗、比$尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了2__0#(\#年的“对哥-\斯拉战术”，通]过殊;死战斗)成+ 功击倒了哥?=斯.拉。 ];但喜悦并未持续多久，深藏地下的**真正哥斯 .:拉“哥斯拉·地球”现身
;#了。两万年
 ,间持@续成长生存、\身高300米]:、质量超过10万吨，在进化成]!这种姿态的超巨大哥斯拉压倒?性的破坏力面前，晴男等人落
=花流水。.:拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜 [ 。弗图亚是他`?们在这个地球首次遇到的人 )型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚 %的神也被哥斯拉%)击破，如今只剩下卵。挑战者\[-、%
抗争]者，全部被火焰吞噬而消失了”面.#对这样的他们，晴男回!应道“这是以人类.的?:_(双手夺回地球的最后机=会了”。另一方面，比尔沙尔@?德$_的指挥官·加/尔#)格，注意到!弗图亚使^用的箭头是由“自.律思`
考金属体·纳米_#金属”所制造而欢喜。这和21世纪他#
们在富#士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”?所开发、在启动前]遭到破坏的!(,“机械哥斯拉”由同种#物质所构^,%成;。这正是当 ]!?时的开发^;设备至今仍然残存的证明=_* —/—。