第二集中，尼奥_（基努·里维 [斯Ke:anuReeves饰）没有能从\:-内部摧毁“母体”-，他的身体
]在真实世 ,$界的飞_]#船上 陷于昏迷/*，思\[想却被困在介于“母体”%@和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·(^菲什伯恩L) aurenceFishbu_$ rne饰）%/-和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Ca)rrie-AnneMos%_s饰）等人知.-道了尼奥的情况，[:在/%[守护天使;的带领下，找到了“火车人”的+(控制者梅罗`? ?纹`奇，经过一番激斗，*-%将!!尼奥救了出来。*此时，电子乌贼部,# :队对锡安发+起%;了猛;\[烈的$[攻击，人类组织所有机甲战士@^%展-+开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和 :崔妮?`_蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，(?到达机\[ 器城市，尼奥终于见到了=/机器(=世界的统治%_者“-.. 机器大]%帝”，双方谈判并达成/$了协议：尼奥除掉不受“母体”@
_控制的 史密斯，(]以换取锡安的和平。在“:;母体”中，尼(奥和史密斯展开了关系人类生死存\)亡的最后=+?决斗。