这是一段攻壳机动队成立前]夕鲜为人知而又影响深!!=远的故,,事。2027年6月6日(@_的一天，;.[隶属陆军机;=密部队501[%机关的真室中佐（宫内敦士配音）在闹市街$头被人杀害*)，此前他(曾-(^陷入军火买卖的贿\赂丑闻 不得脱]=身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回-真室]]电子脑的*公安9课课长荒卷大辅（塾一久,#配音）与生化人草薙素子（坂本真绫配音）.在真室中-佐的墓地首!^ 次相遇/。
[此时#,%^草薙还^(%只是/?5`[
=01机关负责!网络犯罪!追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的*中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，$?棺木中的中
#佐早已不+_见了_ 踪影.^。在此之(^(后/^，她.受*^到 荒卷委 托展开)]`调查，并在一连.串凶险`(-(追查的过程中与前%-=特种部队成员巴特（松田健一郎配音`. ）和时为新滨县刑%=警的陀古萨（新垣樽助配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方…… 本片根据士郎正宗的原作改/编。