位于\+东-京西部的巨大“学园都市”.。在总人口达230;=万?\[ 人/,，其中约8成是学生的 :这座都市中，实施着超能力%[=开发的特殊课程*，学生们_的能力被给予从“无能力Level$0”到“:-超能力Level5”的=六阶段评价。高中生上条当麻，也是住\!在学园都市的.学生之一。他^由于隐藏.在右手]中的力量%(——只要是异能#,$.之力=，就连!神的加护都能消-除的“幻想杀手Ima\@gineBrea!ke:+r+!”，而被评价为名落孙山的“无能力”，(^过着充
满不幸的人生。而上条
:的学生生活，?由于暑假开始)时从天而降的纯白修女而发生! 了巨大的变化。自从与,`++逃离“魔法”世界的她——]`“禁书目录茵蒂克丝@@”相遇开)始，上#[*条就被卷[(入了各种各样的事件中。统率学园都市^的“科学”方?、^与茵蒂克丝关联的“魔法”.方，-=[ 在惊险地解决?双方事件的+过程中，他的人际( @关系也逐步扩展。之?后，魔法一方的十#
字教最大宗派罗 ],*马正教，终于注意)到上+ 条的*存\`#在;=……。如同呼应魔法方一般，科学方的= 学园都市[(也有所;
动作:*。但也有与逐];渐开始对立的世界动向抗争的人不断):出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”,们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。#^科% 学与魔法]=第三次交织之时，故事 将大幅推进！！