继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通`)好; 来+.^ (骗政府高层!
，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该^@进入的地方”搜 集需要的资料.])。本季发展越来越,-精彩，一些没 有被完全改造的\#混血外星人联合起来 抵抗殖民阴-谋。史考莉被绑架时子宫被#移_除，但今-年却出现了她]_的孩子——艾蜜莉?。今年制作小组甚至 找了两位知名科@.幻小说家操笔，# (客串 写出;-=两 集剧本。
!另外今年:也有一集喜剧。=整出X档案为了配合电 影的上映，+;加入了一些角色及内容，“辛? = :迪加”组 %织的阴;:谋越来越明显\_，穆德*再一次接近事
实的真相)#。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的#关系做出重大:+考..\验。该季结束于:; 吸烟人烧毁了 #]@所有X档案卷宗。