2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦$星舰进取号，返回了地球的太空港以进行?维修 。柯克还在为_斯 /波克的死感到悲伤。麦科伊医生出,现了种种异(=\常=@的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原+`来的(舱房!、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查(。斯科!$@提被另分派到了联邦星舰精进号。!;星际舰队指挥部对#?新形成的创世星下达了=禁=入令。柯克被告知，进取号即将除役。
斯波克的父]`\亲沙瑞\`克找到柯克并告`诉他，斯波克的`[遗体必须返回瓦肯星=*,，否则他的/;灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻=##]回斯波克的; 遗$棺并将它\?,带回瓦肯星=——而斯波克临死前与麦科%`@伊进行了心灵融合，=_!因此=)+带有斯波克灵魂的麦科伊
].;也必_须前往瓦肯星:。可是，星际舰队*拒绝让 陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。*;在与人争吵时他被逮捕，但()这并没有影%@*:*响到整个计-(划： .在柯克、斯科特、苏%/(!_鲁、乌乎@/拉和切科夫的[[帮助下麦科伊顺利[\逃脱，并一#!$同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁 ;掉毕生事业的风险，驾驶_进取号航向创/世星。其间^，克林贡人得知了[-创世计划和创世星!-的消息。由于担心联邦将(其改造 `为一种新(,式武=]*器，克鲁格船长率领一^-,艘克林?贡猛禽战舰，去夺取或摧毁这一战略性的武器。在联邦星=.?舰葛瑞[森号上，戴维·马库+.斯博士与莎维可?上尉在创世星的轨=*#道上进行着科:*学观测。他们很快便在-地面\上?\/-发现了生$命,* _形_ 式，出于好奇心的驱$使 )，他们俩传送上了星球表面并发现了\=%[斯波克#空荡的*.遗棺。循着生%@=命形[式的读数[,，他们,+*发# 现了幼年斯波克/`的活体;?/?：成长:,速度奇快，但却没有意识或灵魂。克#林(贡人在此\时也抵达了创世[星，他们摧毁了葛@?瑞森.号并抓获_莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会^ ，#^进取++号也抵达穆塔拉-星区（MutaraSec_ *tor）， !很快就 被克鲁格(]与他的一群`克林贡战士攻,*击到瘫痪。由于克林贡:],`人威
:胁将夺去人质的%生命，柯克使用了一个计谋来重,新?掌)/控局势， 但并
未成功。戴维·马库[斯随后被,!(%克林贡人\杀害。); 由于没有其)]他的选择，柯克只得向克林贡人投降\/。柯克为了重新占据上风，^ !冒死一:\搏启动了进取  号的自毁程序。进取号的船$员随.
_?后传送上了创世%星，目睹着进_取号在= 一片亮光中毁灭，同时也)*捎带上#(#了()[]克鲁格大部*+分的战士。柯克最终与他的团队从克+#=林贡[人手中-营.救了斯波克与莎维可，-并在与克鲁格!+`的一对一战斗中杀死了他)# 。由于创世星\独特的力量? #，斯波克的遗体得以重生，并随着创_$_世星\:=衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创世星时，斯!波@_克刚好=?达到死亡前的年龄。在登上[[!夺来的猛禽舰时，创世星开
`+始了.剧*烈的爆炸(。在沙瑞克的庇护下，猛
禽舰抵达[+了瓦肯星。在经历了危险的?%“浮图邦术”仪式后，斯:+#波克的灵魂离开了麦科!,伊的意识回到了自己的身体%中。仪式= 最终成功，复活的斯波\克开始重新回忆他的过去与朋友。他问进取号的 @船=@-员们，为什么要冒着失 $去生命与:.毁掉事业的危险营救他；柯^克告诉他:，有些时候需要“牺牲小我，成全大@\我”。