拥有一头青#.色头发$%的男主角$[名字将#: 叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少^年。青的父亲兰顿·萨)斯顿(Re =ntonT:, hurst#^o;n、=.レントン·サーストン)行踪不/ 明，而母亲优莱卡/_(Eure:ka、エウレカ)也在10年前^被/,:美军带走了:。.由于继承了母亲的/.[特殊基因?]，使.,得他能够!\)看;[!+见人眼所不能看到-/的东西，如粒径为2*0nm?(大小的光粒子，=红外^ ^线、紫外线等等（但+
在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生 深 井敏夫一同生活=@__，现正在Ge+$nerationBlue（蓝+色世代）中。女主角的! 名字将是阿拉塔·娜 (露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马
。娜露^因为童年%\时=( 的事故而使拥有”ユタ”的力?量($犹达，是日本冲绳以占卜]$!为职业的\*灵媒_+师的名称)的眼睛醒觉。娜\=露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功-能，*^这是因为珊[!瑚岩的一部分在她体.内成 #长，从某种程度上来说\@她和珊瑚岩存在% 部分$#融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚_弱，需要把 $氧气+.放入在/[手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生[$活!`中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上,@`，当时的\\磐户岛\-!正进_行著自治权回  复运]$动，但在.某:
一天，在岛上出现的珊瑚岩/=]受到 了宿敌白细胞G-M+!onster的攻击，,_而;^=为了保护磐户岛，男主角青与人 ,型IFO（IntelligentF/?ly\# ingObject）相遇，并与G-Monster战斗的]故事就此展开。