1999年， .(墜落地%球的巨=, 大隕石奪去了整+個.. 海洋。與此同時，地球外生物WOR)=M亦開$
始在世界?\[-各地=繁殖。-為了對抗在一瞬間支配了廣
泛地區的WORM，人,-類成立了對WO-!`RM組織ZECT。Z.
ECT開::發出幪面)超人=]系統，投入]^#戰場與W:(OR M展開激戰，時間就在這;+場戰爭中渡^+
過了七年。2006年，在這個沙=_] 漠化的地球上，$[部分ZECT的成員因為不滿*_`_組織的-_束/縛而結成獨(立團#.體NEO_ZEC#/T，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。._`就在*:這時，天道;=總司，即是假面騎士KABU(TO的出現，令戰局產生極大變%化。ZEC?
T總部得到一顆巨@,型冰塊 彗星正在接近地球，於是提出「天空之 ^梯 子計劃」，於大氣層的*;(太空站設置巨型CLOCKU+$ P機)器，製造轉移空間把彗星\]拉^=往地%_#球，製造出莫,(大的水源。透過這個計@劃，ZECT的$ 權力,就會越趨;@:龐大，足以支-^$+.配地球。ZECT利用:,連接地球和宇宙的軌%#[道電梯發動「天空之梯子計劃」，而從天道手上得知,? 這項情報的NEOZ _)ECT，亦決定搶奪這個:計劃，壓??^抑ZECT繼續增_%/大_$權\+力。為 -%了組織而戰的ZE)(CT戰士=.大和鐵騎 [-與矢車想；為了自由而戰的NE]%*O_. ZECT$%戰士織田秀成和風間大介
%#；為了最愛的日[和而戰的加賀#
)美新，還有目的完
全不明的天道總司；以及身%*份神秘的黃金假面騎士-。在! *各人思想交錯的漩渦中，假面騎士的]+戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…